Muzeum mieści się w trzech zabytkowych spichlerzach „Panna”, „Miedź” i „Oliwski”. W ich wnętrzach znajduje się m.in. wystawą pt. "Polacy na morzach świata", prezentująca morską historię Rzeczpospolitej. Do najciekawszych eksponatów należą m.in. ładunek średniowiecznego statku handlowego oraz artyleria, wyposażenie i rzeczy osobiste marynarzy ze szwedzkiego okrętu wojennego „Solen”. Ponadto: liczne modele okrętów i statków oraz Galeria Morska.