Sercem Muzeum jest wystawa główna, zlokalizowana 14 metrów pod ziemią, zajmująca powierzchnię niemal 7 tys. m2, co czyni ją jedną z największych wystaw prezentowanych przez muzea historyczne na świecie. To opowieść o tragicznym doświadczeniu II wojny światowej, o jej genezie i skutkach, o ofiarach i sprawcach, o bohaterach i zwykłych ludziach. Budynek Muzeum zaliczany jest do ikon nowoczesnej architektury Gdańska. Z oszklonej, pochylonej wieży podziwiać można panoramę Starego Miasta. W Muzeum działa też Kino Muzeum.